故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
打败火巨人整整一年后，泰戈、卓锋、飞霓、托迪收到了来自战神学院的录取通知书。在进入战神学院之后，他们见证了超变战神的卓越能量。通过学院的培训，他们的个人实力和团队配合不断强化。隐藏在黑暗世界的恶龙军团在诅咒邪神的领导下妄想霸占整个世界。以泰戈为主导的超变勇者们在与恶龙军团大大小小的交战中收获了友情与希望，逐渐成长为超变战神，与武兽之间更加亲密默契。但和平是短暂的，生命力极强的恶龙将们到战神学院发动攻击，在出其不意地攻击下，校长和老师都接连倒下。祸不单行，封印中惊醒的诅咒邪神也向学院逼近。为了守护和平与正义，超变战神们和诅咒邪神展开了最终的生死决战。超变战神们可以守护世界和平吗？
