故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
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乡下剑术师范贝里尔·加德南特。 如今，他作为骑士团的特别指导官，同时担任孤儿的监护人，渐渐习惯了在首都的生活。 然而，周围的环境却不允许贝里尔安享太平—— 在钻研魔法的教育机构中。 在耸立着必须逾越的高墙的故乡。 在眺望国境的边境伯爵领。 在阴谋翻涌的异国他乡。 贝里尔将作为一名剑士，作为一个人，迎向那些无可回避的全新战斗——
我在末世组女团
在水门都市普利斯提拉的殊死决斗中，昴一行人他们艰难取胜，但代价过于沉重：因“暴食”权能而沉睡不醒的雷姆、被夺走记忆的库珥修、以及失去名字的由里乌斯。为了寻找拯救他们的线索，昴得知了一位被称为“贤者”夏乌拉的存在，据说她能洞察万物，掌握一切知识。接下来的目的地便是贤者居住的“普雷阿迪斯监视塔”——那座矗立于连最强“剑圣”莱因哈鲁特都无法攻略的广袤大沙漠“奥格利亚沙丘”中的绝境之塔。
青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了。
