故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
故事的舞台是一个妖怪与人类共存的世界。拥有优越外貌与能力、足以令众人着迷的妖怪们，有时会从人类之中选择自己的新娘。对妖怪来说，新娘的存在独一无二，一旦认定了某人为新娘，便会终生只将爱献给那个人。从未被家人所爱、一直受到虐待的大学生东云柚子（吉川爱 饰），突然被站在妖怪顶点的“鬼”之族的下一任当主——鬼龙院玲夜（永濑廉 饰）选为新娘，从此她的人生命运被彻底改写。 本片改编自クレハ的同名原著小说。
你有没有想过，没被吃完的食物会去哪里？ 被浪费掉的食物其实会来到一个只属于食物的世界，它被称作“好东西城”，食物在这里得到清洗、消毒和修复，接着又回到人类世界“上班”，重复出现在人类的碗里！红小豆就是这样日复一日没被吃掉的一颗红豆，然而这天意外发生了！有一个人类食物中毒，而红小豆成为了那个被食察局怀疑的对象……
双见是初出茅庐的少女漫画家。在酷酷的责任编辑和可靠的助手们的帮助下，终于如愿以偿地开始了期盼已久的将棋漫画《向昴星》的连载，不过……因为压力导致肚子不舒服，从第一话开始就请求延长截稿日期。名字迟迟定不下来，结果不得不熬夜埋头苦干。晚上吃夜宵变胖了，或者不良的幻想停不下来……前途多难的漫画家生活，能否笑着歌颂——！？
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
