到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
阴间见习判官（谢天华饰）因不满庄玉雪（陈妙瑛饰）、方家希（梅小惠饰）的命运安排，擅自更改了二人的生死册，闯下弥天大祸逃往到阳间，恰遇戴耀东（张达明饰）车祸身亡。戴耀东弥留之间借尾还魂，从此改变了戴耀东一生……
片警胡小玲（陈小艺 饰）与丈夫铁路干警江建平（张嘉译 饰）因生活缺乏激情协议离婚。胡小玲五年前抓捕的经济罪犯管军（孙红雷 饰）出狱后门庭冷落，亲朋背离。胡小玲担心管军再入歧途，让婆婆江大妈（张少华 饰）将房子租给管军，结果离婚的江建平只好另行租房，入住单身母亲郭芳（程愫 饰）家。 江大妈极力撮合胡小玲与江建平复婚，却发现在胡小玲与管军的频繁接触中，二人越走越近，终于结婚。婚后不久，管军的母亲（高秀敏 饰）从东北来探亲，家中五口人矛盾不断。而管军的狱友老虎（王双宝 饰）即将出狱，托管军照顾的女友妮可（黄曼 饰）却与侵吞管军公司的道上人物纠缠不清。与此同时，江建平与郭芳的关系也因郭芳前夫的介入出现危机，两个新家庭面临的挑战一个接着一个……
铃木是个喜欢BL的独来独往男生，总是一个人安静地待在教室角落里。由于过去的心理创伤，他与周围人保持距离，但他以全校最阳光的帅气直男·芹泽为原型创作的妄想BL小说，却被本人发现了。 本以为会被对方嘲笑，没想到反而被芹泽猛烈地追求。铃木虽然感到困惑，却也体验到了前所未有的情感波动。 和铃木同班，性格开朗、长相和性格都很好的阳光直男帅哥芹泽。拥有能与任何人自然打成一片的高超沟通能力，是班上的核心人物。对铃木产生了兴趣之后迅速拉近了距离。 与平时游刃有余的态度不同，在铃木面前情绪波动很大，能窥见其笨拙的一面，显露出反常的样子。
米田正子（松岛菜菜子 饰）是一名在东京国税局资料调查课任职的精英调查官，她创立了新的“复杂国税事案处理室”，专门处理连主部门都难以着手的棘手逃税案件。她招募了一群能力卓越却性格独特、不求升迁的成员，共同对付各类恶意隐匿收入的逃税者。新部门成员各有怪癖，但在米田的带领下，他们运用超强的信息搜集能力与调查技巧，将一个又一个狡猾的逃税分子逼入绝境。剧情以爽快的正邪对决为主轴，展现税务调查官如何凭专业与坚持维护社会公平，让努力纳税的人得到应有的正义。
长今（李英爱 饰）出生在一个贱民家庭，他的父亲徐天寿原来当年曾是内禁卫军官，奉命赐予废太后允氏毒药，随后允氏的儿子燕山君登基继位，天寿为了保全自身，辞官而去。天寿在途中救了长今母亲，两人结为连理，隐姓埋名。岂料皇上燕山君如今欲为母报仇，下令追捕所有当年参与杀死允太后的人，长今母亲逃难路上不幸丧命，临终前嘱咐长今进宫。失去了父母的小长今幸得宫中熟手姜德久一家收留，并在他的安排下进入了宫中御厨房做工，开始了她漫长的宫中历程。 韩尚宫（梁美京 饰）非常照顾聪明好学的小长今，然而崔尚宫却因为与韩尚宫的不和而对长今处处刁难，每次在崔尚宫的设局陷害下，长今都以自己的蕙质兰心和坚持不懈一一化解，然而她母亲的身世秘密却逐渐浮出水面，还有更大的困难挡在长今的面前。
As Leo's replacement Thomas Chamberlain arrives Nikki investigates the murders of Rachel Freedman, shot in the head, and her little autistic son Nathan, who was poisoned. Nikki rejects policewoman Anne Burchett's theory that Rachel killed them both but is perturbed when an impostor, claiming to be Rachel's sister, visits the morgue. At the same time the disfigured corpse of Eva Liron is discovered, killed with the same poison as Nathan. She had been the nanny to French hot shot footballer Isaac Dreyfus and was planning to blackmail him over a sex tape of them both. Jewish Isaac is a controversial figure due to his anti-Muslim sentiments but he denies ant part in the murders. Then another victim, Isaac's agent Mousa, is discovered dead.
